El puerto de Boston maneja más pasajeros de cruceros que cualquier puerto de Nueva Inglaterra, sin embargo, sus 180 millas cuadradas de aguas protegidas siguen definidas por los muelles de trabajo, los atraques navales y las fortificaciones isleñas que dieron forma a tres siglos de comercio marítimo estadounidense. Las 34 islas del puerto, 27 de ellas protegidas dentro del Área Recreativa Nacional de las Islas del Puerto de Boston desde 1996, son testigo del comercio colonial, los asedios de la Guerra de Independencia, las prisiones de la Guerra Civil y las estaciones de radar de la Guerra Fría. El Fuerte Independence en Castle Island, reconstruido en granito entre 1834 y 1851, se alza donde los cañones británicos controlaban antiguamente el Narrows; la planta de tratamiento de aguas residuales de Deer Island, terminada en 2000, revirtió un siglo de contaminación que había cerrado los lechos de mariscos y las playas en todo el puerto exterior. Los paseos en barco y turismo en Boston parten desde Long Wharf, construido en 1710 y extendido 1,586 pies hacia el puerto para acomodar los grandes veleros que transportaban ron, melaza y esclavos africanos en el comercio triangular. Los almacenes de granito del muelle, reconstruidos tras el Gran Incendio de Boston de 1872, ahora anclan un frente marítimo transformado por la eliminación de la Central Artery en 2007. El USS Constitution, botado en 1797 y amarrado en el Charlestown Navy Yard desde 1897, sigue siendo el buque de guerra comisionado más antiguo del mundo a flote; su revestimiento de cobre, laminado por la fundición de Paul Revere en Canton en 1803, protegió las maderas de roble vivo cosechadas en las islas del mar de Georgia. El papel comercial del puerto persiste: el Conley Terminal maneja 1.3 millones de TEUs anualmente, y la Terminal de Cruceros Black Falcon recibió a 398,000 pasajeros en 2025. Las rutas de turismo por el puerto pasan por el Boston Light en Little Brewster Island, encendido por primera vez en 1716 y automatizado en 1998, lo que lo convierte en el último faro con personal en los Estados Unidos. El Santuario Marino Nacional Stellwagen Bank, 25 millas al este de Boston, sostiene poblaciones de ballenas jorobadas, rorcuales comunes y ballenas aliblancas de abril a octubre; el santuario de 842 millas cuadradas, designado en 1992, protege mesetas submarinas talladas por glaciares donde los afloramientos de nutrientes concentran lanzones y arenques. Los cruceros al atardecer recorren el arco del puerto interior desde las torres de cristal del Seaport (el 50 Liberty Wharf abrió en 2011, One Seaport Square en 2017), pasando por la sede revestida de aluminio de la Reserva Federal hasta los tirantes del puente Zakim, iluminado con LEDs programables desde 2008. La profundidad del puerto, dragada a 47 pies en 2016 para acomodar buques portacontenedores post-Panamax, borró los llanos de marea donde los constructores navales del siglo XVIII lanzaban bergantines y goletas con la marea baja.